Apsolutne kontraindikacije su nelečeni pneumotoraks i lečenje citostaticima iz grupe Adriamicina i cis-platine bolesnika obolelih od karcinoma. Novija istraživanja pokazuju da se bolesnik oboleo od karcinoma može tretirati HBO terapijom ukoliko boluje od udruženog oboljenja koje se može lečiti primenom HBO. Maligne ćelije ne rastu brže u prisustvu hiperbaričnog kiseonika. Primena HBO kod trudnih žena, takođe nije kontraindikovana, opsežna istraživanja u Francuskoj i SSSR-u pokazala su da nema štetnih efekata HBO na fetus niti na majku. Hazard lista za kiseonik je praktično nula po svim aspektima delovanja na na ljudski organizam.

Sledeća stanja zahtevaju oprez ali nisu apsolutna kontraindikacija za HBO te se ona može koristiti ako postoje valjane indikacije i obučen tim terapeuta:

1. Infekcija gornjih delova respiratornog trakta
2. Emfizem sa zadržavanjem CO₂
3. Nekontrolisana povišena telesna temperatura
4. Spontani pneumotoraks u anamnezi
5. Prethodne rekonstruktivne operacije srednjeg uva
6. Prethodne operacije na grudnom košu
7. Potvrđene plućne lezije na radiografijama ili CT scanu.
8. Virusne infekcije
9. Klaustrofobija

Barotrauma srednjeg uva je najčešći neželjeni fekat HBO terapije. Lako se prevenira kod većine pacijenata odgovarajućim objašnjenjem o neophodnosti izjednačavanja pritisaka tokom HBO tretmana. Barotrauma paranazalnih šupljina je ređa, obično se dešava kod pacijenata sa infekcijama gornjih disajnih puteva ili kod alergijskih kijavica. Prevencija se sastoji u primeni vazokonstriktornih kapi pre tretmana.

Klaustofobija je prisutna kod oko 2 % svih pacijenata i može biti uzrok osećanja anksioznosti čak i u velikim višemesnim komorama. Blaga sedacija pre tretmana, razgovor i prisustvo terapeuta u komori obično rešava ovaj problem.

Progresivna miopija (kratkovidost) viđena je kod nekih pacijenata koji su podvrgnuti dugotrajnim svakodnevnim HBO tretmanima. Iako je tačan uzrok ove pojave još uvek nerazjašnjen i obično se u potpunosti povlači već nekoliko dana po poslednjoj seansi. Ranija zabrinutost o mogućoj pojavi katarakte više nije aktuelna jer se ona može javiti tek posle 600 seansi što je broj koji se u praksi nikad ne primenjuje.

Plućna i nervna toksičnost kiseonika pod povišenim pritiskom se često navodi kao ograničavajući faktor ali se u praksi ovi efekti ne mogu javiti. Plućne tegobe nisu se javljale ni kod pacijenata koji su u dugom vremenskom periodu bili svakodnevno tretirani na 2,5 bara tokom 2 časa. Kiseonične konvulzije zabeležene su kod jednog na svakih 10.000 tretiranih pacijenata, čak i kada se pojave ne ostavljaju nikakve posledice po završenom tretmanu. Lako se kupiraju uobičajenim antikonvulzivnim sredstvima ili smanjenjem pritiska u komori.

HBO je često dopunska terapijska metoda u lečenju refraktornih oboljenja. Mnogi pacijenti imaju komplikovane rane, hronične infekcije, neuspele kožne transplantate i režnjeve kao i udružena sistemska oboljenja. Uvođenje HBO same po sebi bilo bi gotovo sigurno neuspešno ukoliko se ne koriste ostale proverene medicinske procedure. Opsežna i detaljna baza podataka mora biti formirana za svaku kategoriju pacijenata tako da se specifični problemi mogu prepoznati, izolovati, istražiti i adekvatno rešiti koordinisanim interdisciplinarnim pristupom. Naročito je važno obratiti pažnju na sledeće probleme:

Metabolička kontrola, ishrana pacijenata i nutricioni status, stanje protoka u velikim krvnim sudovima i njihov kapacitet da prenesu kiseonik do ciljnog tkiva, mogućnost rekonstruktivne hirurgije na krvnim sudovima u cilju prevazilaženja vaskularnih problema, kontrola infekcije, adekvatan hirurški tretman rana i protokoli za negu rane, sposobnost i mogućnost pacijenta da izdrži i podnese složeni terapijski program. Svi navedeni problemi moraju biti detaljno apsolvirani ukoliko se želi uspeh u primeni HBO terapije.

Odgovarajuća selekcija pacijenata mora biti zasnovana na tačno uzetoj anamnezi, neinvazivnom testiranju vaskularnog korita kao što je određivanje segmentnih pritisaka, arterijski i venski dopler pregled, transkutana oksimetrija, ponekad i angiografija.